Національно-визвольна війна під проводом Богдана Хмельницького спричинила революційні зміни в житті українського народу, міщанства, шляхти та Церкви. Відомо, що представники крехівських монахів були в таборі Хмельницького з листом та запрошенням відвідати Крехів. За деякими даними, Хмельницький ночував у монастирі з 26 на 27 жовтня 1648 р. У всякому разі, після взяття Високого замку у Львові йшов до Жовкви з військом через Крехів.
У наслідок воєнних розрух монастир значно підупав; монахи, яких число ще збільшилося, голодували. У1657 р. представники Крехівського монастиря вдалися по допомогу до московського царя Олексія Михайловича, але тільки лист гетьмана Богдана Хмельницького, до якого по дорозі заїхали, допоміг їм отримати те, чого потребували.
Після кривавих подій кінця 1640-х – 1650-х років та через постійну загрозу нападів татарських загонів, унаслідок ослаблення польського війська, постала необхідність будувати укріплення. Це відчув уже свого часу Станіслав Жолкевський, засновник Жовкви, це розуміли крехівські ченці. На прохання монахів король Михайло Корибут Вишневецький видав їм 15 жовтня 1669 року грамоту з дорученням вимурувати монастир і церкву для захисту від неприятеля. Але будівельні роботи, які започаткували сучасний вигляд монастирських споруд, велися ще з 1658 р. Замість Преображенської церкви, уже знищеної, на кошти подружжя Красовських будувалася нова, більша, всередині валів, а на місці першої постала каплиця, звана Поклонницею. Колишні дерев’яні укріплення замінили мурованими, з бійницями, вежами, валами і ровами. Будували, хоч не відразу, п’ять башт: чотири на кутах і одну надбрамну, посередині південно-східної оборонної стіни.
Ще одне важке випробування на долю монастиря та жителів навколишніх сіл випало влітку 1672 року. Тоді гетьман Петро Дорошенко, за підтримки турецько-татарського війська, оголосив війну Польщі. Сам султан Мегмед IV та хан Селім-Гірей вели свої війська. Здобувши у серпні Кам’янець-Подільський після капітуляції його оборонців, під кінець вересня об’єднане військо було вже під Львовом. Відомо, що крехівські монахи були зобов’язані довозити провіант війську в околиці Львова, а в самому монастирі стояла козацька залога.
29 вересня 1672 року турецько-татарський загін, який перед тим пограбував Магерів, повертався до Львова через околиці Крехова, а в монастирі, де збіглося місцеве населення, захопивши і своє добро, була козацька залога під проводом ще молодого Івана Мазепи. Хоч монастир був укріплений, не встояв би перед переважаючим військом противника. Чи хоробрість, чи необережність крехівчан мало не привела до трагедії, пострілом з гармати поцілили в татарський намет та вбили племінника хана Селім-Гірея. Тільки дипломатичний хист Петра Дорошенка та велика грошова компенсація зберегли монастир від знищення, а козаків — від виявлення їх присутності в монастирі-фортеці. На місці смерті ханового родича, за два кілометри від монастиря, згодом було встановлено пам’ятник — високу колону, увінчану хрестом.
За час існування монастиря його відвідали багато визначних особистостей: політичні та військові діячі, церковні достойники, письменники, художники. Була вже мова про Богдана Хмельницького, Петра Дорошенка, Івана Мазепу, митрополита Петра Могилу. Відвідували Крехівський монастир неодноразово і такі відомі наші земляки, як Яків Головацький, Іван Франко та багато інших.
У 1668 році до монастиря прибув Іван Шумлянський, щоб тут прийняти чернечий постриг. Ігумен постриг його у ченці, надавши ім’я Йосиф. У 1676 році Й. Шумлянський став Львівським єпископом і в 1700 р. подбав про з’єднання своєї єпархії з Римським Престолом, що побоявся зробити його попередник Гедеон Балабан ще наприкінці XVI ст.
Кілька разів у 1698 році приїжджав до Крехівського монастиря московський цар Петро І, який перебував у Жовкві та Раві-Руській, укладаючи угоду з королем Августом II про спільні дії проти шведів у майбутній Північній війні. Цар Петро ще в 1690 році потвердив привілей, який отримали крехівські монахи від царя Олексія Михайловича в 1657 році, право приїжджати кожний п’ятий рік до Москви за милостинею. Сам Петро І був жертводавцем Крехівської обителі, і це пояснює, чому так довго монастир не хотів приступати до з’єднання з Римом. Зробив це аж 1721 року.
Інформаційний відділ Крехівського монастиря